राष्ट्रिय सुरक्षा परिषद्को दैनिक प्रशासनिक कार्य संचालन गर्न र परिषद्को काम, कर्तव्य तथा जिम्मेवारीलाई बढी प्रभावकारी एवं सहजता प्रदान गर्नको लागि वि.सं.२०५८ साल फाल्गुण २७ गतेबाट राष्ट्रिय सुरक्षा परिषद्को सचिवालयको स्थापना भएको थियो । तत् पश्चात यस सचिवालय निरन्तर रुपमा सक्रिय रहदै आफ्नो भूमिकालाई थप व्यवस्थित एवं परिस्कृत गरी उच्च पेशागत दक्षता (Professional Competency) का साथ जिम्मेवारी वहन गर्दै आईरहेको छ । यस सचिवालयले राष्ट्रिय सुरक्षा परिषद्को कार्यलाई सहजिकरण गर्ने, आवश्यक राय सुझाव दिने तथा सुरक्षा विश्लेषण प्रतिवेदन तयार गर्ने कार्यहरु गर्दै आइरहेको छ ।